中国眼谷超级眼视光医院是温州医科大学眼视光集团下的子医院，依托于温医大附属眼视光医院在眼视光领域全国顶尖、世界一流的医科研水平和产业影响力，医院发挥特有的体制机制优势，除了近视防控、医学验光配镜等视光学和普通眼病诊治以外，还开展了医学整形美容、皮秒激光治疗皮肤色素、疤痕、皱纹、等离子眼周皱纹抗衰美容、治疗近视的有晶体眼人工晶体植入术、难治性青光眼阀植入术、微创眼眶下壁骨折修复术等先进技术。

慈溪市人民政府设立温州医科大学慈溪生物医药研究院（以下简称研究院），引进温州医科大学（乙方）组建团队运营管理，以研究院为载体，集聚高端人才和项目；承接国家、地方政府以及各医药科技平台和企业的各类科研任务，以促进当地科研成果的转化应用，搭建创新创业技术服务和咨询平台

温州医科大学口腔医学院·附属口腔医院（简称：温医大口腔）成立于2002年，实行“院院合一”的管理模式。医院是浙南地区首家集预防保健、临床医疗、教学科研、公共卫生于一体，按照省级医院管理的三级甲等口腔专科医院，是国家医师资格考试实践技能考试基地，国家级住院医师规范化培训基地、浙江省首批住院医师规范化临床培训基地，浙江省国际联合实验室，浙江省口腔医学会副会长单位、温州市口腔医学会会长单位，温州市口腔卫生指导中心，温州市口腔质控中心和温州市龋齿防控工作指导中心挂靠单位。

温州医科大学附属康宁医院是三级甲等精神病专科医院、国家临床重点专科单位、浙江省精神心理疾病临床医学研究中心、国家精神心理疾病临床医学研究中心浙江省分中心、国家精神科住院医师规范化培训基地、国家临床药物试验机构、国家医疗器械临床试验机构、国家高新技术企业、国内首家精神专科医院上市公司、国内首个哈佛大学商学院医院案例，浙江省数字精神病学与阿尔茨海默病诊疗国际科技合作基地、浙江省阿尔茨海默病研究重点实验室、温州市儿童青少年心理诊疗中心、温州医科大学儿童心理健康研究中心、温州市关心下一代工作委员会青少年心理健康服务中心

中外合作办学专栏温州医科大学

温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院是成人、儿童学科体系齐全的全生命周期省级三甲综合性医院。

温州医科大学附属眼视光医院成立于1998年，2009年经省卫生厅批准增挂“浙江省眼科医院”，2010年开设杭州院区，是浙江省首家三级甲等眼科专科医院。医院承担临床医疗、医学教育、医学科研、预防保健等任务，是国家眼部疾病临床医学研究中心、眼视光学和视觉科学国家重点实验室、国家眼视光工程技术研究中心、国家药监局眼科疾病医疗器械和药物临床研究与评价重点实验室，以及国家眼科学临床重点专科、教育部近视防控与诊治工程研究中心。